Nel Seicento, quando convissero la scienza nascente e l’alchimia, personaggi, come Isac Newton, si applicarono ad entrambe. Mentre effettuava scoperte di fisica ed ottica, fondamentali per la storia della scienza moderna, Newton occupava parte del suo tempo, tentando la strada alchemica. Questi studi (e anche quelli di tipo filosofico) rimasero sconosciuti fino al 1936, quando l'economista John Maynard Keynes entrò in loro possesso e li rese di dominio pubblico editandoli.
Di questo tipo di “passatempo” si sa che tra i metalli amava il mercurio, ed aveva come riferimento nel campo dell’alchimia, l’americano George Starkey, che pubblicò, nell’edizione inglese del 1669, Secrets Reveal'd, che fu molto studiato da Newton.

Nel 1693, compose il saggio Praxis, rimasto inedito, che trattava tutto il tema alchemico. Era diviso in due parti: una introduttiva di stampo teorico e una seconda, molto pratica (da quì il titolo).  In altri scritti inediti di Newton scopriamo che per lui tra scienza e alchimia non vi era molta differenza. Anche perché l’analisi dei processi era propria a tutti e due i campi. Era molto interessato alla crescita e alla vegetazione, sempre alla ricerca dello spirito vegetativo, cioè della causa delle mutazioni in natura.
Keynes commentò questi ritrovamenti, asserendo che: “Newton non fu il primo dell'età della ragione: fu l'ultimo dei maghi”.

Essendo uomo del suo tempo (e il suo interesse per l’alchimia lo dimostra), Newton si interessò moltissimo di religione, effettuando studi approfonditi sulla Bibbia, alla ricerca dei significati originari. Ragionò, nell’interpretazione e sulla natura di Dio. Il suo parere, molto personale, lo vede anticipatore del deismo settecentesco. Sempre lavorando sulla Bibbia, egli si interessò anche della cronologia antica. Tanto che utilizzò il fenomeno della precessione degli equinozi per raggiungere una sua datazione personale di alcuni eventi storici.
La sua reticenza nel pubblicare tutti i suoi studi e la pratica dell’alchimia, scienza misteriosa ed occulta, ha fatto associare il suo nome a fumose sette, come quella dei Rosacroce o il celebre Priorato di Sion.