A Milano, nell'omonimo palazzo, ha sede la Pinacoteca di Brera, che ospita una raccolta d'arte antica e moderna, molto famosa per i capolavori presenti. Essa è specializzata in arte di scuola veneta e lombarda, ma possiede anche pezzi di altre epoche e scuole. Tant’è che, grazie a donazioni, offre anche un percorso artistico che va dalla preistoria all'arte contemporanea. La serie di opere, riguardanti il XX secolo, è assolutamente unica.
L'importante edificio milanese è molto grande, tanto che al suo interno sono ospitate varie istituzioni culturali, quali la Biblioteca Nazionale Braidense, l'osservatorio di Brera, l'Orto Botanico, l'Istituto Lombardo di Scienze e Lettere e l'Accademia di Belle Arti. Fu costruito nell’aperta area suburbana, chiamata anticamente "braida", da cui il nome Brera, sia del quartiere che della pinacoteca. E’ un grande edificio, che presenta un cortile porticato al cui centro è posizionato il Monumento a Napoleone I realizzato da Antonio Canova.
Fu costruito su un antico convento, appartenente all'ordine degli Umiliati, un potente ordine milanese, che erano fabbricanti di lana  Venne abolito nel 1571, da papa Gregorio XIII, passando nelle mani dei Gesuiti. Questi (ordine più colto) vi realizzarono un centro di studi, tale da dargli il nome di “Università”. Il convento non era di grandi dimensioni, per cui, verso la fine del Cinquecento, si decise un drastico ampliamento. Nel 1615 fu affidato il progetto all’architetto lombardo Francesco Maria Richini. I lavori di costruzione iniziarono nel 1630. Tuttavia, essi procedettero con grande lentezza, fermandosi anche per improvvisi ostacoli, come un’epidemia di peste. Ebbero termine solo nel 1776. Il prolungarsi delle opere impose l’intervento di diversi architetti. Il progetto del Richini passò nelle mani del figlio, a Gerolamo Quadrio, poi a Pietro Giorgio Rossone, fino a Giuseppe Piermarini, che lo completò. Nel frattempo l’ordine dei gesuiti fu espropriato del palazzo di Brera (nel 1773), che passò nelle mani del governo austriaco. La regina Maria Teresa d'Austria (su proposta del conte Carlo Firmian) lo attribuì alle Scuole Palatine, vi inserì una biblioteca e fece ampliare l'Orto Botanico. Ma la decisione principale fu la creazione dell'Accademia, nel 1776, finanziandola proprio con i proventi derivati dalle espropriazioni ecclesiastiche.

Tra i segretari della novella associazione vi fu Carlo Bianconi, che si prodigò ad accrescere  l’iniziale dotazione. Ma l’ispirazione provenì, soprattutto, proprio dall’architetto Giuseppe Piermarini (che era stato allievo di Luigi Vanvitelli), unitamente al decoratore Giocondo Albertolli, ticinese. Essi diedero all’Accademia un forte carattere artistico e architettonico, per la creazione di esperte maestranza. Questo si rivelò importante quando fu nominato a capo di Milano l'arciduca Ferdinando, con la sua corte.. L’intera città fu investita dalla necessità di nuovi interventi edilizi. Per la creazione della residenza estiva dell'arciduca, a Monza, conosciuta oggi come villa reale, furono chiamati proprio i maestri e gli allievi dell'Accademia.
Con la napoleonica campagna d'Italia del 1796, le cose cambiarono. Nel 1801, Giuseppe Bossi, già allievo dell'Accademia, fu nominato segretario, che si operò per l’Accademia, organizzando anche mostre pubbliche. Ad accrescerne le collezioni fu, però, lo stesso Napoleone. Con la soppressione di chiese e conventi e con la confisca dei loro beni artistici, i pezzi che non venivano mandati a Parigi, furono collocati in istituzioni italiane. Nacquero, così, le grandi Gallerie di Venezia, Bologna e Milano. La pinacoteca di Milano aveva il compito di compendio di tutte le opere artistiche del regno d'Italia. Le opere iniziarono ad arrivare a Milano da ogni dove. Giuseppe Bossi, nel 1806, inaugurò il primo museo dell'Accademia, ma l’apertura reale al pubblico avvenne solo nel 1810. Dal Louvre giunseo nel 1813, i quadri di Rembrandt Harmenszoon Van Rijn, Pieter Paul Rubens ed Antoon Van Dyck.
Con la fine dell’impero napoleonico, il Congresso di Vienna decise la restituzione dei beni artistici ai loro legittimi proprietari. Capitò soprattutto al Louvre di Parigi, ma anche ad altri musei, come la pinacoteca di Brera.
Nel xix secolo, il museo ricevette diversi lasciti molto ricchi, come il lascito Oggioni, che accrebbero le collezioni del museo. Nel 1882 la pinacoteca di Brera venne scissa dall'Accademia. Nel secolo successivo, fu data vita l'Associazione degli Amici di Brera (Nel 1926), che sovvenzionò diversi importanti acquisti. Tra le opere comprate, c’è, ad esempio, la "Cena in Emmaus" di Caravaggio.
Come durante la prima guerra mondiale, col il trasferimento delle opere a Roma, anche nella seconda, le opere vennero adeguatamente messe in sicurezza. Purtroppo l’edificio non fu altrettanto fortunato. I pesanti bombardamenti danneggiarono seriamente la sede del museo. Trenta delle 38 volte della pinacoteca saltarono. Dopo la guerra iniziò la severa ricostruzione. Attori principali di essa furono la soprintendente Fernanda Wittgens e l’architetto Piero Portaluppi.

I nuovi progetti
Nel 1974, in piena difficoltà economica, il soprintendente Franco Russoli lanciò un progetto ideale per lo sviluppo della Pinacoteca, che comprendeva l’ampliamento dell’istituzione, con l’acquisto e l’integrazione del prospicente palazzo Citterio. Il progetto era detto della "Grande Brera". Ciononostante questo non è completato. Nel 2009, l’architetto Mario Bellini ha presentato un progetto, che si rifà all’ipotesi della "Grande Brera".
Durante questi ultimi decenni, la Pinacoteca di Brera si è ampliata, con donazioni, soprattutto d’arte moderna, come con le collezioni Jesi e Vitali. L’assetto espositivo è stato totalmente ripensato e attualizzato.

Secondo la normale attività vengono sviluppate grandi mostre temporanee. La carenza di un vero e proprio spazio espositivo per queste mostre, ha portato la Pinacoteca a muoversi in modo diverso. Dal 2001, è stato avviato il progetto “Brera Mai Vista”. in cui vengono realizzate mostre con una periodicità ridotta (spesso soli tre mesi), fatte di poche opere, ma ben organizzate e supportate da piccoli cataloghi. Generalmente, sono organizzate con l’esposizione di capolavori provenienti dal proprio magazzino. Nel 2011, “Brera Mai Vista” ha superato quota 20 mostre.
Nel 2004 la Pinacoteca ha iniziato anche un percorso educativo con la proposta: "A Brera anch'io. Il museo come terreno di dialogo interculturale”. Dal 2006, la nuova attività viene svolta regolarmente con le scuole milanesi di primo grado.
Nel 2009, la Pinacoteca di Brera ha festeggia i duecento anni dalla sua fondazione (15 agosto 2009). Per l’occasione sono state organizzate una serie d'eventi con mostre e convegni.