Come detto, Knick Knack fu l’ultimo cortometraggio realizzato dalla Pixar: il nuovo obiettivo era quello di fare un salto di scala, realizzando il primo lungometraggio in computer grafica. Se, infatti, per la pubblicità venivano impiegati dei corti, nell’azienda si iniziò l’avventura del primo vero film in CGI, con una tappa intermedia di un filmato di mezz’ora per la televisione.
Oltretutto la Disney aveva contattato Lasseter, nel tentativo di assumerlo e strapparlo alla Pixar. Al rifiuto di questi, la Disney rilanciò, proponendogli il posto di direttore di un film in animazione. Lasseter rifiutò ancora, ma propose alla Disney di realizzare il lungometraggio unitamente alla Pixar. La grande azienda osservò che solo se fossero riusciti a creare una storia di mezz’ora, avrebbero potuto confezionarne una di un ora e mezzo. I tecnici della Pixar non se lo fecero ripetere due volte e si misero al lavoro per raggiungere la prima tappa. Il film prodotto, Toy Story, uscì nel 1995.
Nonostante il successo ottenuto, la Pixar non ha abbandonato la ricerca tecnica. Dal 1997, ha ripreso a produrre cortometraggi, che assolvono a diverse finalità. La ricerca tecnica, come detto, la scoperta di nuovi talenti nel settore e la creazione di spin off per i  lungometraggi. Nel 1997 con Il gioco di Geri, ha ottenuto il suo secondo premio Oscar nel settore cortometraggi.
Da Toy Story, è stata mantenuta la collaborazione con la Walt Disney Pictures nella fascia dei lungometraggi. In tale ottica fu siglato un contratto da 10 anni per la produzione di 5 film. Economicamente l’accordo prevedeva la divisione dei costi e dei profitti: la Disney avrebbe ottenuto il 12,5% degli introiti ed i diritti del film, anche in funzione merchandising. Con i successi ottenuti con i lungometraggi, l’accordo ha soddisfatto pienamente entrambe le parti. Bisogna rilevare, che i film della Pixar hanno riscosso un’approvazione maggiore di quelli creati nel periodo dalla Disney. Con i cinque film in CGI, la società di Steve Jobs ha incassato ben 2,5 miliardi di dollari, che l’hanno resa la casa di produzione cinematografica di maggior successo di tutti i tempi.

Il sodalizio tra Pixar e Disney non è stato sempre roseo. Michael Eisner, amministratore delegato della Disney, e Steve Jobs sono entrati in rotta di collisione più volte. Nel 1999, sul fatto se si dovesse considerare Toy Story 2 dentro o fuori dell’accordo sui cinque film. Nel 2004, invece, la Pixar cercò di rivedere il contratto, chiedendo di pagare solo per la distribuzione, niente divisione dei profitti e niente diritti commerciali. La Disney, che aveva fatto un affare, possedendo i diritti sui film e sui personaggi, sia nel merchandising come nella possibilità di realizzare i  rispettivi seguiti, indipendentemente dalla Pixar. Quest’ultima congelò ogni altra concessione. La Disney, per contro, organizzò lo studio di animazione computerizzata “Circle 7 Animation” per la realizzazione dei seguiti.

Fu un momento di grave crisi del rapporto tra le due società. Evidentemente Michael Eisner, riteneva di poter rompere gli accordi, ridimensionare Jobs e le loro richieste, e, con l’esperienza guadagnata, i diritti sui personaggi Pixar, la creazione dei seguiti, avrebbe potuto alzare le vele e seguire la sua strada.
Effettivamente, alla fine del 2004, la Disney investi molto denaro nell’organizzazione di Circle 7 Animation, con l’assunzione di 170 nuovi tecnici, comprendenti artisti, sceneggiatori, registi e produttori. Chiamò il regista Badley Raymond (che aveva realizzato Il re leone 3 - Hakuna Matata), per girare il sequel Toy Story 3. Altri sceneggiature erano in cantiere, come i sequel di Monsters & Co. e Alla ricerca di Nemo.Una serie di grandi nomi furono interpellati per i nuovi progetti. Tim Allen si rese disponibile per ridare la voce al personaggio Buzz Lightyear. Fu contattato anche Tom Hanks, a cui fu offerto un importante contratto multi-film. Fu chiamato anche Jim Herzfeld, nel 2005, che era stato lo sceneggiatore di successi Disney, come Ti presento i miei e Mi presenti i tuoi?, per scrivere il copione del sequel con Buzz Lightyear. Egli realizzò una storia (su richiesta) del tutto nuova e diversa da quella del film originario. La bozza ottenuta fu modificata da Bob Hilgenberg e Rob Muir (che erano già al lavoro sul copione di Monsters & Co. 2). La parte iniziale, riscritta, prendeva le mosse e lo stile del film Pixar.
Herzfeld ha rivelato di un tecnico della Circle 7 Animation gli disse: "Noi eravamo lì solo per far paura alla Pixar al tavolo dei negoziati".
Questo duro confronto non giovò alla Disney. Nell'ottobre 2005, Michael Eisner uscì dalla Disney. Nel 2006 la Disney iniziò una trattativa per l’acquisto della Pixar, vi riuscì, ma fu una vittoria “di Pirro”: pagò per l’acquisizione 7,4 miliardi di dollari, per una società che Steve Jobs nel 1986 aveva comprato per10 milioni di dollari. Jobs, avvenuta la transizione, entrò nel consiglio d’amministrazione della Disney. Lasseter e Ed Catmull si posizionarono a capo del reparto animazione, per volontà di Robert Iger che aveva sostituito Eisner. I progetti di Circle 7 furono azzerati.  Dei 170 membri che ne facevano parte, 140 artisti furono distribuiti in altri reparti. I rimanenti 30 furono licenziati. Nel corso dell’anno vi fu l’annuncio che la Disney stava iniziando Toy Story 3, ma affidata, stavolta, ai campioni della Pixar.
Dall’accordo con la Pixar sono nate diverse uniziative collaterali. Ad esempio, dal 2008, a Disneyland California Adventure Park è possibile assistere alla "Pixar Play Parade", animata dai personaggi ideati da Lasseter. Nel 2011, in occasione dei 25 anni di attività della Pixar, si è tenuta una mostra, presso il PAC di Milano, incentrata proprio sulla società di film d’animazione.

Nel 2009, il lavoro di John Lasseter e della Disney-Pixar è stato premiato con il Leone d'oro alla carriera alla 66ª Mostra internazionale d'arte cinematografica di Venezia.