Virgilio aveva sempre amato Napoli. Vi risiedeva e spinse i suoi influenti amici ad operare per essa. Secondo tradizione, il poeta suggerì ad Augusto di creare un acquedotto che portasse l’acqua del fiume Serino (nell'Avellinese) a Napoli e vicinanze (tra cui Nola, Avella, Pozzuoli e Baia). Vi fece costruire fontane e pozzi, cloache e siti termali (a Baia e Pozzuoli), e l’enorme traforo nella collina di Posillipo, conosciuto fino al XIV sec. come "Grotta di Virgilio" (oggi nota come "Grotta di Posillipo").
Se la fama di Virgilio fu grande in vita, in morte trascese la sua stessa persona facendolo diventare uno di quei miti che lui stesso narrava. Appena cent’anni dopo, Silio Italico, che aveva acquistato i suoi possedimenti e la sua tomba., istituì una festività a Napoli, per le idi di Ottobre (data della nascita) che fu mantenuta per diversi secoli. La sua importanza crebbe col tempo a dismisura, tanto che i napoletani iniziarono a considerarlo il protettore della città, insieme alla Madonna partenopea. La libertà e l’autonomia politica di Napoli erano assicurate dalla presenza della tomba di Virgilio. La cosa era talmente data per certa, che, quando i Normanni , nel XII secolo, conquistarono Napoli, con il permesso della Chiesa, cercarono di trafugare la “reliquia”. I napoletani, però, insorsero per evitare il sacrilegio: si rimpossessarono dell’urna e la portarono a Castel dell’Ovo.  Nonostante questo, i Normanni, successivamente, fecero sparire il prezioso contenitore all’interno dello stesso castello. Da allora i napoletani persero il culto di Virgilio e la città, come voleva la profezia, passò di dominazione in dominazione.
La figura di Virgilio rivestiva così tanta importanza a Napoli, che insieme alla fama di sapiente, per il popolo acquisì anche quella di mago: egli era, secondo tradizione, a conoscenza di tutti i segreti della natura e li utilizzava per fare del bene. Nacquero diverse leggende popolari legate alla figura di Virgilio, Napoli e Roma. Egli divenne, ad esempio, il costruttore misterioso del Castel dell’Ovo, avendolo lui costruito sopra il guscio di un uovo magico di struzzo, che si sarebbe rotto  quando la roccaforte fosse caduta inevitabilmente in mani nemiche.
La sua magia che lo fece mago, deriva dalla passione di Virgilio per le Divinazioni e dall’appartenenza alla corrente filosofica del neopitagorismo (che affermava l’immortalità dell’anima e la sua trasmigrazione dopo la morte in un altro corpo), diffusa in Magna Grecia in quel periodo, che, trattando di matematica, essendo la matematica considerata allora come sacra e legata alla religione, non poteva che investirne la figura. Egli stesso non mancò di entrare nel mondo della magia e del mistero. Fece costruire per la porta di Forcella due volti, uno maschile (allegro), l'altro femminile (triste), affinchè chi entrasse in città attraverso quella porta, avesse subito dei presagi  casuali. In epoca aragonese, a causa dell’ampliamento delle mura,  le due teste furono portate nella villa reale di Poggioreale, seguendone il destino nella distruzione.

La fama di Virgilio, perdurante oltre la fine dell’Impero romano, portò un notevole rispetto verso le sue opere, che nell’alto medioevo erano lette con grande ammirazione. Questo salvò la sua produzione dall’oblio, e tutto quello che aveva scritto ci è stato tramandato. La sua più grande fortuna fu un passo delle Bucoliche (la IV ecloga), dove si parlava della nascita di un bambino che avrebbe riportato gli uomini nell’età dell’oro. Poiché nel medioevo era diffusa l’allegoria e il simbolismo, questo brano fu letto in senso cristiano: quel bambino era sicuramente Gesù. Virgilio divenne profeta della venuta del Cristo e della diffusione della sua Chiesa. Così Virgilio, nato e morto in epoca pagana (forse anche a causa del suo rapporto con l’arte divinatoria, che abbiamo visto), collegato al cristianesimo, superò brillantemente il buio dei secoli medievali. Lo ritroviamo (vate, maestro e profeta) nella Divina Commedia come accompagnatore sacro di Dante Alighieri nel suo viaggio attraverso i gironi dell'Inferno e del Purgatorio.
In sostanza la sua fortuna  non è mai cessata nei secoli fino a noi.