Indubbiamente Giordano Bruno, nel suo girovagare, è stato sempre visto come un personaggio scomodo, a causa delle proprie idee (a volte anche di altri, come per quelle di Copernico) e della libertà con cui egli le comunica a tutti. Riuscì a farsi scomunicare da Cattolici, Calvinisti e Luterani. Bruno è troppo moderno per i suoi tempi, e lo paga fino in fondo.

Davanti il tribunale dell’Inquisizione veneziana, egli tenta, posta in gioco la sua vita, una estrema difesa. Poiché i giudici non possono essere a conoscenza di tutto il suo bagaglio teorico, nega, tace, lima qualche sua affermazione, poi conclude: alla base del ragionamento di un filosofo vi è «il lume naturale», se giunge a conclusioni divergenti con le teorie teologiche, non per questo deve essere ritenuto eretico. Comunque sia, egli è pronto a ritrattare e chiede il perdono per i suoi “errori”.

Sembra una buona difesa, ma l’Inquisizione romana chiede l’”estradizione” e la ottiene dal Senato veneziano. Il 27 febbraio 1593 egli è già rinchiuso nelle carceri del Palazzo del Sant'Uffizio a Roma. Vengono raccolti documenti, testimoni e denunce: i capi d’accusa crescono a dismisura. Per procurarsi altre prove, la Congregazione, il 24 marzo del 1597, decide di metterlo sotto tortura.

Nel processo lo accusano delle sue teorie blasfeme, ma egli non le rinnega, cercando solo di minimizzarle. Per cui riafferma: l'infinità dell'universo, che è immobile, mentre è la Terra a girare, la molteplicità dei mondi e la non generazione delle sostanze.
I giudici gli obiettano che nella Bibbia si dice che la «Terra stat in aeternum» mentre è il sole nascere e tramontare. Risponde che i Padri della Chiesa «sono meno de' filosofi prattichi e meno attenti alle cose della natura». Davanti i suoi accusatori egli arriva a sostenere che la Terra ha un’anima, come quella umana, e quest’ultima non ha sicuramente la forma del corpo. In più egli ritiene che le stelle hanno natura angelica. Concede solo l'immortalità dell'anima umana.

La Congregazione dei cardinali inquisitori, il 12 gennaio 1599, lo invita all’abiura, sulla base di otto proposizioni eretiche. Egli accetta a patto che le sue idee siano ritenute eretiche non da sempre, ma solo ex nunc. E’ difficile patteggiare con l’Inquisizione: il tribunale rifiuta e propone nuove torture, bocciate però da papa Clemente VIII il 9 settembre 1599. Il giorno successivo Giordano Bruno si dichiara pronto all'abiura, ma il giorno 16 ci ripensa. Intanto all’elenco delle eresie si aggiunge una denuncia anonima, che dichiara l’ateismo di Bruno nel suo viaggio inglese. Il giorno 21 dicembre, Bruno si dichiara innocente, non avendo nulla di che pentirsi. Rifiuta, in sostanza, l’abiura.

In ginocchio davanti al tribunale, l’8 febbraio 1600, ascolta la sentenza: condanna al rogo.  Si alza e dice ai suoi giudici: “Forse tremate più voi nel pronunciare questa sentenza che io nell'ascoltarla”. La sentenza viene eseguita il 17 febbraio a Campo de’ Fiori. Nudo, è legato ad un palo. Non può dire nulla perché ha la lingua serrata da una morsa. Viene acceso il rogo e Giordano Bruno è arso vivo. Al termine, le sue ceneri finiscono nel Tevere.

Alla fine dell’Ottocento un Comitato internazionale, composto  fra gli altri da Ernst Renan, Victor Hugo, Herbert Spencer e Silvio Spaventa, è promotore della realizzazione di un monumento in memoria di Giordano Bruno.  Vi furono opposizioni, manifestazioni, votazioni e quant’altro. Quando alla fine lo stesso capo del governo, Francesco Crispi, diede parere favorevole, la statua fu accettata. Realizzata dallo scultore massone Ettore Ferrari, ha il suo spazio, proprio in piazza Campo de' Fiori a Roma.
Oltre alla dedica di un cratere lunare, sul filosofo è stato realizzato un film di Giuliano Montaldo, Giordano Bruno, del 1973, interpretato da Gian Maria Volontè. Appare anche nel film Galileo di Liliana Cavani del 1969.

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