Tra il 1749 e il 1755 Hume scrisse la “Storia naturale delle religioni”. Scopo dello scritto è quello di individuare le basi della religione nella natura umana. Hume, pur partendo dal teismo, e cioè dalla presenza di un creatore della realtà naturale, asserisce che vi siano popoli atei, e che quindi vi sia un legame naturale tra Dio e uomo.
Secondo il filosofo la genesi della religione è nel timore umano e nella speranza di salvezza dopo la morte. L'affidamento ad un Dio, assicura che la Natura, per questo, risulti "favorevole" all'uomo.
Alle origini la religione era politeista, con la divinizzazione delle varie forze della natura, per lo più dall’origine sconosciuta. Si trattava di vere e proprie proiezioni dell'uomo stesso, a parte la loro onnipotenza che ne faceva dei, ma sempre e soltanto di un ambito definito.
Lo sviluppo delle civiltà porta al monoteismo. L'estrema instabilità della condizione umana, porta a rifiutare il politeismo a favore di un solo dio, detentore di una forza assoluta. Con la creazione monoteista, nascono anche “divinità intermedie” fra l’uomo e Dio.
Hume crede in una tolleranza pagana e nell'intolleranza delle religioni monoteiste. Anzi, egli ritiene che l'uomo venga mortificato (al contrario delle credenze politeistiche) nella sua dimensione terrena.
Per Hume la fede è un'opinione irrazionale ed emotiva, e non porta l’uomo a progredire sotto il profilo morale.
Tuttavia Hume sviluppando teorie filosofiche su un ambito difficile come la religione, riconosce, nell'impotenza naturale, che ogni ragionamento possibile risulta alquanto fragile.
Egli, infatti, dice:
"Tutto è ignoto: un enigma, un inesplicabile mistero. Dubbio, incertezza, sospensione del giudizio appaiono l'unico risultato della nostra più accurata indagine in proposito. Ma tale è la fragilità della ragione umana, e tale il contagio irresistibile delle opinioni, che non è facile tener fede neppure a questa posizione scettica, se non guardando più lontano e opponendo superstizione a superstizione, in singolar tenzone; intanto, mentre infuria il duello, ripariamoci felicemente nelle regioni della filosofia, oscure ma tranquille"