In Sicilia il Tribunale del Sant'Uffizio fu istituito nel 1487.

Il Tribunale dell'Inquisizione spagnola tuttavia per problemi organizzativi e politici iniziò a funzionare solo dopo il 1500. Esso dipendeva dal “Consejo de la Suprema y General Inquisiciòn”, che aveva sede a Madrid, ed era composto da sette membri. A capo del Consejo vi era l'inquisitore generale, nominato dal re in nome del papa, al quale spettava soltanto il compito di ratificarlo.

L'attività del Tribunale spesso si scontrava con l'indifferenza o l'ostilità delle autorità locali. Sappiamo che nei primi decenni del Cinquecento, il popolo siciliano manifestava spesso il suo odio contro i rappresentanti dell'Inquisizione spagnola, tanto da cacciar via dalla sua sede a Palermo nel 1516 il viceré Ugo Moncada e l'inquisitore Melchiorre Cervera. Ma è da notare soprattutto che il malcontento era uno stato d'animo trasversale, che toccava anche le classi dominanti. Si sa, ad esempio, che il Parlamento siciliano aveva manifestato all'imperatore Carlo V il desiderio che il Santo Officio fosse esercitato da prelati siciliani.

Quando l'imperatore giunse in Sicilia nel 1535 accolse i reclami del popolo contro l'Inquisizione, sospendendo per 5 anni i privilegi del Santo Officio, prolungandoli poi fino al 1545. Le cose peggiorarono quando Carlo V diede l'incarico di inquisitore generale di Sicilia a don Bartolomeo Sebastiàn, il quale si distingueva per la ferocia nella persecuzione dell'eretica pravità, tanto da essere elogiato dall'imperatore per il suo zelo .

Molti sono gli studiosi che evidenziano come il Tribunale dell'Inquisizione era alla ricerca di reati di apostasia (durante il XVI secolo aumentano in particolare i seguaci delle idee di Lutero, Calvino, Zwingli). Progressivamente il Tribunale dell'Inquisizione allargò la propria giurisdizione ad altri reati minori (prima di competenza dei Tribunali vescovili), che consentivano un largo controllo sulla popolazione siciliana, causando un diffuso malcontento. I “mixti fori” erano quei reati minori che potevano essere giudicati sia da Tribunali vescovili che inquisitoriali. Per consuetudine, se ne occupava il Tribunale che per primo lo denunciava. La capillare diffusione sul territorio dell'Inquisizione faceva sì che fosse questo tribunale ad aggiudicarsi tali cause.

Tra i “mixti fori” rientrava la superstizione. Col termine di supersticiòn si faceva riferimento a un concetto che era stato elaborato nel tempo e che trova esplicitazione nelle “Summae Theologicae” di Tommaso D'Aquino, per il quale si trattava di pratiche contrarie alla virtù morale della religione. Il superstizioso è colui che, pur rivolgendosi al vero Dio, pecca o per difetto (irreligio) o per eccesso (superstizioso).

Il Tribunale dell'Inquisizione tendeva ad occuparsi di quei casi di magia che implicassero l'eresia o l'uso sacrilego dei sacramenti della Chiesa. Tra le attività superstiziose rientrano le pratiche magiche e divinatorie. In verità, il problema a cui doveva prestare attenzione l'inquisitore era non la tecnica ma l'intenzione del mago. Ciò perché la credenza nella magia e nella stregoneria interessava tutti i ceti sociali.

Una popolazione con un'attesa di vita bassissima, spazzata via periodicamente da morbi e assediata dalla carestia, cercava conforto in credenze che riuscissero a placare l'ansia. Il sentimento di precarietà, di paura e terrore per la propria sopravvivenza si riverbera nella cultura popolare, che riteneva possibile l'intervento di forze naturali. I confini che separano il tangibile dal misterioso erano molto labili: il soprannaturale era l'altra faccia del quotidiano.

Come procedeva il Tribunale dell'Inquisizione?

I processi inquisitoriali in Sicilia costituiscono il più alto numero di procedimenti registrati per il delitto di supersticiòn in un Tribunale inquisitorio spagnolo. La credenza in magie, fatture e altre superstizioni era molto diffusa nella popolazione e il Santo Officio puniva questi atti con condanne anche severe. L'Inquisizione spagnola sembra essere stata più attenta e rigorosa nel distinguere la stregoneria vera e propria dalla materia dei sortilegi e delle superstizioni.

Il Tribunale dell'Inquisizione inviava periodicamente nelle varie città siciliane dei bandi: in modo che tutti fossero coscienti e consapevoli della sua volontà di "estirpare, punire e castigare tutti gli eretici e gli apostati... "  e che nessuno potesse proclamarsi ignorante.

Le inchieste e il processo potevano seguire diverse tipologie di procedimento. C'erano i commissari dell'Inquisizione, incaricati dal tribunale, in ogni terra e città, di "raccogliere le denuncie anonime o firmate che segnalavano un possibile delitto contro la fede.  Il commissario procedeva ad un primo esame delle testimonianze e le trasmetteva a Palermo. Su ordine degli inquisitori, si procedeva alla convocazione dei sospettatti. Se le prove raccolte sembravano sufficienti per avviare un procedimento penale, si provvedeva all'arresto della persona in questione. L'inquisito era poi condotto nelle carceri dell'Inquisizione, dove avrebbe subito un regolare processo.

Altra procedura molto importante, regolare fino ai primi decenni del XVII secolo, era quella della “visita” nei vari distretti inquisitoriali, dove l’inquisitore riceveva personalmente le denunce; procedeva poi all'arresto degli inquisiti, con l'aiuto degli ufficiali del Tribunale. La grande famiglia del Santo Officio comprendeva molte e diversificate figure: calificadores, procuratores fiscales, notai, sequestratores, familiari armati, foristi, spie, oltre naturalmente agli inquisitori.

 La colpevolezza dell'indiziato poteva essere verificata per confessione o per prove testimoniali. Chiunque poteva testimoniare contro l'inquisito, anche gli eretici. La chiamata di correità è stata abolita nel 1588 per non permettere agli inquisiti di accusare altre persone. Come una rete questo meccanismo aveva consentito di allargare il processo a dismisura penetrando su tutto il territorio.

Per potere accertare la verità, si ricorreva a qualunque mezzo, anche la tortura, considerata necessaria al fine di conoscere la verità dei fatti. Se l'inquisito era dichiarato colpevole, doveva abiurare de levi o de vehementi, in base alla gravità della sua eresia, e sottomettersi alle penitenze spirituali e ad altre pene (carcere o esilio). Chi abiurava veniva chiamato “riconciliato” ed era ammesso nello spettacolo dei penitenziati, che consisteva nel comparire in pubblico, in chiesa o nella piazza principale della città.

I penitenziati venivano fatti salire sopra un palco appositamente predisposto e ammoniti con un sermone dell'inquisitore; poi erano interrogati ad uno ad uno sulla loro volontà di abiurare e infine era assolti dalla scomunica e riconciliati con la Chiesa, anche se venivano comminate contro di essi pene più o meno severe. Chi, al contrario, non abiurava e persisteva nell'errore veniva passato al braccio secolare. Questa manifestazione prendeva il nome di “auto de fè”.