Durante la seconda guerra mondiale, in un bombardamento di Palermo del 1943, il Palazzo Abatellis venne colpito e distrutto. Negli anni seguenti, le autorità decisero il suo completo restauro, nella prospettiva di inserirci una Galleria d’Arte per le collezioni d’arte medievale”. La Soprintendenza ai Monumenti iniziò il consolidamento della struttura. A dirigere l’operazione vennero chiamati, prima, l’architetto Mario Guiotto, e, poi, l’architetto Armando Dillon. Per primi furono ricostruiti il portico, la loggia e il salone centrale danneggiati dal bombardamento. Riparati i soffitti crollati. Poi vennero tolte le superfetazioni e gli elementi aggiunti, tanto da “ripulire” il contenitore. A questo punto, terminati i lavori, nel 1953, fu chiamato l’architetto Carlo Scarpa per redigere il progetto d’interni e degli allestimenti futuri. Nel 1954, il museo venne aperto al pubblico.
Rispettando il prezioso lavoro dell’architetto Carlo scarpa, nel 2009, il museo di Palazzo Abatellis è stato ampliato con l’apertura delle sale rossa e verde al piano superiore e si ottenne anche l’agibilità della terrazza sovrastante.

Le collezioni esposte nella Galleria provengono inizialmente dalla Pinacoteca della Regia Università, e, successivamente, dagli enti religiosi chiusi in Sicilia, nel 1966. Vi furono anche donazioni e lasciti di collezioni private. Tutto il materiale fu incamerato in principio dal Museo Nazionale di Palermo, poi divenuto di competenza regionale. Le opere d’arte in esposizione sono d’altissimo livello sia storico che artistico. Tra le altre: le realizzazioni lignee intagliate del XII secolo, numerose sculture del Trecento e del Quattrocento, capolavori di Domenico e Antonello Gagini (come la Madonna del latte, l’Annunciazione ed il Ritratto di Giovinetto), il Busto di gentildonna di Francesco Laurana (XV secolo), il Trionfo della Morte (databile al 1445), e la bellissima Annunziata di Antonello da Messina (sempre del XV secolo).