Dalla fine del Cinquecento e per tutto il Seicento si sviluppò in Europa quella che potremmo chiamare una rivoluzione silenziosa nell'ambito della scienza. Galileo Galilei (1564-1642) basandosi sull'invenzione del cannocchiale potè conprovare la teoria eliocentrica di Copernico, secondo la quale la Terra ruota intorno al Sole. Dal dato scientifico, che non poteva essere confutato, Galilei formulò la teoria del metodo sperimentale, dove ogni ipotesi scientifica poteva essere confermata solo dalla prova sperimentale che si basava sull'osservazione della realtà naturale e sulla sua plurima riproducibilità con opportuni esperimenti che poteva confermarla.

E' noto che Galileo Galilei fu messo sotto accusa dal tribunale della Santa Inquisizione essendo la teoria di Copernico contraria al testo della Bibbia, così come veniva interpretata in quel periodo. Lo scienziato fu costretto a rinnegare le proprie teorie e osservazioni.

“Io Galileo, figlio di Vincenzo Galileo, di Fiorenza, dell’età mia d’anni 70. costituito personalmente in giudizio, ed inginocchiato avanti a voi Eminentissimi e Reverendissimi Cardinali (...) giuro che sempre ho creduto, credo adesso. e con l’aiuto di Dio cre­derà per l’avvenire, tutto quello che tiene, predica e insegna la Santa. Cattolica ed Apostolica Chiesa. Ma perché da questo Santo Offizio (.3 sono stato giudicato vehementemente sospetto d’eresia. per haver tenuto e creduto che il sole sia centro del mondo et immobile e che la terra non sia centro e che si muova, pertanto. volendo io levar di mente alle Eminenze Vostre con cuor sincero e fede non finta abiuro. maledico e detesto li sudetti errori et heresie, e in generale ogni e qualunque altro errore, eresia o setta contraria alla Santa Sede.
E giuro che per l’avvenire non dirò mai più né asserirò in voce o per scritto cose tali per le quali si possa aver da me simile sospizione.” (Galileo Galilei)

Tuttavia nello stesso periodo molti furono gli scienziati e i pensatori che elaborarono ricerche e riflessioni secondo il metodo su cui si basa tutta la nostra attuale civiltà. La rivoluzione scientifica, che non poteva essere fermata, si basò su numerosi e grandissimi studiosi, come i francesi Cartesio e Pascal, i tedeschi Keplero e Leibniz, l’italiano Torricelli, l’inglese Boyle. Importantissimi, inoltre, furono gli studi di Isaac Newton (1642-1727) che portarono a formulare la legge di gravitazione universale, per cui tutti i corpi hanno la proprietà di attrarsi a vicenda anche e soprattutto a livello cosmico. Tutto questo basandosi sul metodo sperimentale, affermando, altresì, che i fenomeni osservati non bastano: è invece necessario aggiungere una riflessione razionale sulle ricerche effettuate.

...Simile al loro è il metodo di procedere della filosofia, che non usa soltanto le forze della mente e neppure conserva immutata nella memoria la materia che le è offerta dalla storia naturale e dagli esperimenti meccanici, ma la raccoglie, la trasforma e la organizza nell'intelletto. Perciò da una collaborazione più stretta tra queste due facoltà, quella sperimentale e quella razionale, si può ben sperare per l'avvenire. (Isaac Newton)

Nel Settecento la diffusione stessa di malattie come il vaiolo, che aveva nella storia imperversato in tutta Europa, fu sconfitta attraverso le ricerche dell' inglese Edward Jenner, che portarono alla creazione del vaccino contro il vaiolo.