Se le malattie flagellavano l'Europa da secoli, l'ignoranza in campo medico regnava sovrana. L’uso della quarantena per le merci e i marinai provenienti da altri continenti era l'unico modo per combattere la peste e le altre malattie infettive. La tradizione e le vecchie credenze si tramandavano pedissequamente.

Alla fine del '400 a Firenze Antonio Benivieni (1443-1502) che aveva realizzato diverse autopsie accludendo nello scritto la causa di morte; il suo libro era intitolato "De abditis morborum causis" (le cause nascoste delle malattie).

Oggi sappiamo che spetta a Leonardo da Vinci l'essere andato oltre per amore della conoscenza con i suoi studi di anatomia. I suoi disegni, tra arte e scienza, disvelano i meccanismi reali del corpo umano. Purtroppo le sue ricerche, ottenute con la dissezione dei cadaveri (allora vietate), rimasero del tutto sconosciute per lungo tempo, considerate passibili di pena dall' inquisizione che imperava in quei secoli. Tuttavia è proprio nel Cinquecento che inizia il superamento storico del Galenismo. Andrea Vesalio, prima, e gli studi di fisiologia poi da parte di R. Colombo, di A. Cesalpino e, più tardi (1628) di G. Harvey iniziarono ad illuminare il buio pesto dell'ignoranza. Tra i primi risultati che si ottennero, vi fu la scoperta del preciso meccanismo della circolazione sanguigna, del tutto erronea nelle teorie di Galeno.
Lo stesso Harvey venne chiamato a insegnare in una delle Università più antiche d'Italia, quella di Padova, dove fu professore anche Galileo Galilei. Questo aspetto della diffusione delle prime conoscenze non va sottovalutato, tenendo in conto che la stessa invenzione della stampa, e quindi della circolazione dei primi testi scientifici, produsse un grande effetto in funzione della compartecipazione delle conoscenze mediche.
Esempio ne è la pubblicazione nel '600 della raccolta della materia medico-legale esistente da parte di P. Zacchia, che ottenne un grande riscontro, tanto da affermarsi per circa due secoli.
Tra i mezzi utili a diffondere le conoscenze anatomiche si affermò con il tempo anche quello visuale delle cere anatomiche, prodotte inizialmente soprattutto a Firenze si diffusero poi in tutta Europa (grandi collezioni si trovavano a Firenze e a Vienna).


Nel Seicento l'applicazione della nuova metodologia sperimentare e dell'invenzione di nuove strumentazioni, quale, per esempio, del microscopio, costituirono la base di partenza per il progressivo sviluppo scientifico e medico.
L'utilizzo del microscopio portò alle prime affermazioni delle scienze biologiche. Tra gli scienziati possiamo citare: A. van Leenwenhoek getta le prime basi della microbiologia; M. Malpighi quelle della istologia; F. Redi della parassitologia e della biologia sperimentale.
L'anatomia e in fisiologia ottengono nuovi successi come la scoperta dei vasi chiliferi da parte di G. Aselli. Iniziano a gettarsi le basi per un più attento studio delle malattie stesse e la ricerca delle nuove profilassi: in terapia vi è l'impiego dell’ipecacuana, della corteccia di china, della digitale; in igiene si assiste al perfezionamento delle disposizioni legislative per la profilassi delle malattie contagiose.