Le due teorie che si confrontarono nel secolo portarono definitivamente al suo scadere all'affermazione di una medicina reale e operativa. Le due teorie sono: la prima che ha come obiettivo quello di creare dei sistemi per studiare e intervenire sui fenomeni fisiologici e patologici, ma sempre attraverso l’impulso dato dalle teorie filosofiche contemporanee; la seconda attraverso l'utilizzo della metodologia sperimentale, nella cornice delle scienze esatte.
E' chiaro come il confronto non potesse che volgere a favore della seconda teoria. Già nella seconda metà del secolo la ricerca dell'ispirazione dalle tendenze metafisiche scomparve lentamente, lasciando il passo alla medicina così come la conosciamo.
Nuovi scienziati ottengono nuovi successi e scoprono nuovi campi di ricerca: G. B. Morgagni getta le basi dell’anatomia patologica; H. Boerhoove si applica, soprattutto, allo studio del malato; A. von Haller studia con successo le funzioni del sistema nervoso e dei vasi sanguigni; L. Spallanzani svolge ricerche sul meccanismo della fecondazione e della natura chimica dei processi respiratori.

Verso la fine del Settecento viene sviluppandosi la cosidetta medicina preventiva, partendo dallo studio dell'igiene. Si eseguono studi completi sulle malattie contagiose, vengono applicate e diffuse una serie di norme preventive, vengono aggiornati i criteri di assistenza ai malati. I nuovi cambiamenti sociali (l'industrializzazione e la conseguente nascita della nuova classe operaia, l'inurbanesimo che crea città sempre più vaste e popolose) portano l'Inghilterra, nazione dove per prima si registrano le nuove trasformazioni, all’avanguardia nel campo dell’igiene. Tanto che nel 1766 E. Jenner realizza, per la prima volta, la vaccinazione antivaiolosa, che si diffonderà ovunque nel mondo e aprirà il nuovo capitolo della lotta alle malattie contagiose. La medicina preventiva, quale è una campagna di vaccinazione, ha bisogno, però, dell'intervento dello Stato. Tale è il pensiero di G. P. Frank che si batte per la cura della salute pubblica, ed ottiene il risultato della creazione in vari paesi europei di un servizio sanitario statale.

Viene creata una nuova branca della medicina: la psichiatria, con l’opera scientifica e umanitaria di V. Chiarugi e di P. Pinel.
Inizialmente la chirurgia non era condiderata facente parte della medicina (la praticavano nella maggior parte dei casi barbieri, persone senza un'istruzione e nessun accesso alle opere scientifiche). Ma la pratica portò un grande aumento delle proprie capacità, che in Inghilterra, alla fine, le due branche si fusero. Questa rivalutazione e conseguente parificazione nel resto dell'Europa si deve a Giovanni Alessandro Brambilla (1728-1800), che fu curatore della raccolta delle cere anatomiche di Vienna.