Giovanni Battista Morgagni (1682-1771) individuò tre pratiche che andavano effettuate: la storia clinica, l'autopsia e poi la diagnosi clinica. Egli raccolse 700 casi clinici, quadri autoptici correlati con la storia clinica del paziente e con l'individuazione della malattia, dopo una dissezione (allora non c'erano mezzi per fare l'autopsia in vivo). Morgagni pubblicò diversi trattati: alcuni appunti di anatomia in "Adversaria Anatomica", che lo pose in attenzione in Europa, per poi ottenere un enorme successo con "De Sedibus et causis morborum per anatomen indagatis" (sulle sedi e le cause delle malattie studiate attraverso l'anatomia). Nel testo venivano presentati i 700 casi clinici raccolti, in cui confluirono alcuni casi dall'opera di Marcello Malpighi (1628-1694) e del suo maestro Antonio Maria Valsalva (1666-1723). La prima edizione, in latino (la lingua dei dotti), si esaurì nel giro di due anni e venne ristampato in numerose edizioni anche con traduzioni linguistiche. I suoi principi furono applicati all'estero e costituirono la base per lo sviluppo della anatomia clinica in tutta Europa.

Gli esperimenti fatti dalla scuola di Oxford ponevano il quesito della respirazione e della combustione: sotto una campana con una candela accesa veniva posto un animale che "fatalmente" finiva per morire di asfissia. Quale gas veniva consumato? La risposta fu data da Antoine Laurent Lavoisier (1743-1794): il gas era l'ossigeno. Il grandissimo scienziato fu fondatore della chimica moderna, ma non sfuggì al suo destino di nobile nella Francia della rivoluzione: venne ghigliottinato come molti suoi pari.

L'abate Lazzaro Spallanzani (1729-1799), che Pasteur considerava il più grande scienziato mai esistito, mise in relazione il consumo di ossigeno con la respirazione tessutale. Ricercatore e vivisezionatore, fu un vero maestro nel campo della riproduzione. Egli dimostrò sperimentalmente che senza il contatto del liquido seminale con l'uovo non si aveva la fecondazione. Realizzò la fecondazione artificiale con una cagna e fu anche il primo ad effettuare una sterilizzazione. Confutò gli esperimenti di John Turbeville Needham (1713-1781) e Georges Buffon (1707-1788) che sostenevano la teoria che i protozoi derivassero dalla materia e non da altri protozoi, dimostrando che col calore i protozoi non si formavano e quindi erano necessari per la riproduzione altri protozoi (dimostrando falsa la tesi della generazione spontanea). Si cominciarono a capire le leggi dell'infinitamente piccolo, anche se non esistevano microscopi abbastanza potenti per averne visione e prove (Allora si vedevano solo i funghi e i protozoi, non era ancora arrivato a visualizzare i batteri).

La passione per la biologia portò un proprietario terriero a scoprire un microrganismo fino allora sconosciuto. Dovendo seguire la strada tracciata dal padre, occuparsi delle coltivazioni sulle terre di famiglia, Agostino Bassi (1773-1856), continuò, come uditore, a seguire le lezioni dello Spallanzani. Molti anni dopo, improvvisamente i bacchi da seta, conservati sulle sue bigattaie, furono funestate da una malattia terribile, il mal del calcino o del calcinaccio o moscardino, riducendoli a dei pezzi di gesso. Egli iniziò delle ricerche sulla malattia da vero biologo, scoprendone alla fine la causa: un fungo, che provocava la morte dei bachi (, il fungo fu chiamato in suo onore Botritis o Beauveria Bassiana). Scrisse un trattato, "Del Mal del Segno, Calcinaccio o Moscardino", che influenzò la scoperta dell'eziologia fungina di molte malattie, fino ad ispirare le ricerche di Louis Pasteur (1822-1895).

Abbiamo già parlato del chirurgo inglese Edoardo Jenner (1749-1823) che inventò la vaccinazione contro il vaiolo. Come accade spesso la scoperta avvenne dall'osservazione della realtà. Jenner si accorse che le mungitrici se si ammalavano di vaiolo ne guarivano sempre.
Esisteva da tempo la pratica della vaiolizzazione. Una pratica dalle origini araba che consisteva nell'inoculazione di pus preso da un malato in via di guarigione. La pratica non era dall'esito sempre felice: molti continuavano a morire.
Jenner sperimentò la vaccinazione su suo figlio prendendo pus dalla pustola di una vacca. La prova diede un grande successo, rendendo il bambino immune dal vaiolo.. Iniziò con la vaccinazione la lotta contro molte delle malattie infettive. Tuttavia nonostante l'enorme approvazione, molti videro nella nuova pratica un insulto al creatore, mescolando il mondo animale con l'essere umano. In un certo senso, le idee della rivoluzione francese prevalsero sui timori e sulle opinioni contrarie.

Possiamo dire che nel Settecento vi furono i primi esperimenti di chirurgia plastica: Giuseppe Baronio (1759-1811), già allievo di Spallanzani, effettuò i primi innesti di pelle su animali, divenendone un precursore.

Nel 1883 Robert Koch (1843-1910) scoprì il vibrione del colera. In realtà la scoperta era stata già descritta in modo chiarissimo dall'anatomico italiano Filippo Pacini (1812-1883). Ne naque una polemica che vide alla fine prevalere il Pacini, ma la cui vittoria non fu realmente registrata dall'ambiente accademico.

Nel primo '800, un francese, Renè Theophile Laennec (1781-1826), inventò lo stetoscopio, che ai tempi era alquanto primitivo (era costituito da un semplice tubo di legno), ma che all'ispezione, la palpazione e la percussione, aggiunse anche l'auscultazione.
La ricerca si rivolge allo studio delle cause della malattia, intesa come entità morbosa, e non più verso l'uomo. Il futuro avanza a grandi passi.