Poco discosta da S. M. della Scala è la chiesa e convento di San Francesco di Assisi, edificati nel 1264, avendone ottenuto il terreno sotto il pontificato di Gregorio IX. Nel 1721, per istolti restauri, fu devastata la chiesa, essendosi sostituito il pieno centro al sesto acuto degli archi, aggiunta una brutta cornice ed annientato generalmente qualche vestigio, della prima struttura.

È una delle più spaziose chiese della città, e vi si conservano molti marmorei sepolcri di antiche illustri famiglie, taluni forse distrutti dal tempo. Ne esistono ancora altri tra cui quello di Federico III nella tribuna maggiore, di rozza esecuzione, eretto da Elisabetta sua madre. Altro sarcofago di greco scarpello posato sul pavimento, rappresenta il ratto di Proserpina. In esso vi sono racchiuse le ceneri di Elisabetta e dei due figli Guglielmo e Giovanni duca di Randazzo, come si rileva da una lapide di marmo collocata lateralmente. Altro ricchissimo sepolcro trovasi nella stanza retrostante alla terza cappella tutto di bronzo dorato, eretto nel 1618 da Giovanni Lancia alla sua consorte contessa Cibo, morta nella fresca età di anni quindici. Le gemme che lo adornavano furono in parte tolte ed impiegate per ornare il serto della Vergine, le altre involate.

Il quadro rappresentante San Francesco che riceve la stimmatizzazione è di Salvatore di Antonio, padre del famoso Antonello, dipinto a tempra prima che suo figlio introducesse in Italia la maniera di dipingere ad olio. È degna anche di essere osservata una statua della Vergine col bambino tra le braccia del Gajmo. Il convento in cui oggi vi sono gli uffici dell'Intendenza di Finanza, è un grandioso edifizio la cui facciata è rimasta spiacevolmente incompleta.