Nel libro Darwin: The Life of a Tormented Evolutionist, A. Desmond e J. Moore narrano di come Darwin soffrisse il dualismo lacerante tra la sua fede religiosa, che faceva parte della sua educazione, e le evidenti scoperte sperimentali che andava raccogliendo. Tra evoluzionismo e religioni, infatti, sono evidenti delle divaricazioni oggettive. Alcune, basandosi sulla verità biblica, lo rifiutano integralmente, come l’Ebraismo ortodosso e alcune Chiese evangeliche americane.

Le discrepanze religiose
Tra gli aspetti che rendono difficile la non contraddittorietà tra religione ed evoluzionismo è l’interpretazione letterale della Bibbia. Tale interpretazione, tramandata di padre in figlio, base culturale e di pensiero per molti secoli, fonte prima della sapienza, è entrata in crisi con le scoperte scientifiche. Per quanto riguarda l’Evoluzionismo, basti pensare alla creazione di Adamo ed Eva, che, sicuramente, essendo stati creati da Dio, non potevano essere imperfetti. E’ palese l’incompatibilità con l’evoluzione delle specie, soprattutto riguardo l’Uomo. Adamo non conosceva la morte prima di commettere il peccato originale. Né quest’ultimo  può far pensare ad una decadenza da essere perfetto ad essere imperfetto, incompatibile con i reperti fossili umani, ritenuti prove scientifiche della teoria evoluzionistica.

Il Cattolicesimo, invece, ha una posizione più possibilista. Alcuni teologi cattolici accettano parzialmente la teoria di Darwin, potendo riferirsi alla posizione espressa dal grande Sant'Agostino d'Ippona. Egli ritiene che il mondo creato da Dio, non sia stato tale a quello attuale, ma in uno stato più semplice e più rudimentale. Tuttavia, per le cosiddette "ragioni seminali", tale mondo sarebbe stato in grado di svilupparsi ed evolversi nella presente realtà.
I “teologi evoluzionisti”, per non divergere troppo dalle Sacre Scritture, fanno due obiezioni: che l’evoluzione abbia riguardato il corpo e non l’anima spirituale (per il corpo Dio utilizzò "fango della terra"), e che questa sia il prodotto della creazione di Dio. L’anima, quindi, non può essere il frutto delle evoluzioni da altre specie animali.

La posizione ufficiale
La Chiesa Cattolica ufficialmente non prende, a proposito della teoria evoluzionistica, una precisa posizione. Già Pio XII riteneva che le due strade, quella religiosa e quella evoluzionista, non fossero necessariamente incompatibili. Successivamente, Papa Giovanni Paolo II non ha opposto un rifiuto, ma, considerandola un fenomeno storico, ebbe a dichiarare che essa è "più che una teoria". Ciononostante la Chiesa non ritiene che l’evoluzione dell’Universo sia il frutto del caso (un pensiero del tutto ateo), ma che alla base di esso vi sia un disegno, un progetto ordinato ad uno scopo preciso, come dichiarato da papa Benedetto XVI, che ebbe a dire:
“…Essi, tratti in inganno dall'ateismo, ritengono e cercano di dimostrare che è scientifico pensare che tutto sia privo di guida e di ordine, come in balìa del caso. Il Signore con la Sacra Scrittura risveglia la ragione che dorme e ci dice: all'inizio è la Parola creatrice. All'inizio la Parola creatrice - questa Parola che ha creato tutto, che ha creato questo progetto intelligente che è il cosmo - è anche amore. “(Omelia di Benedetto XVI all'Udienza generale del 9 novembre 2005)

Poiché l'evoluzione in generale, non è mai stata oggetto di una specifica analisi e studio, e che vi possano essere letture materialistiche e semplificatrici e altrettante letture spiritualistiche, la sua validità è comunque soggetta a verifiche di qualsiasi tipo, filosofico o teologico che siano. Papa Ratzinger osserva: -"La dottrina dell'evoluzione è per certo un'ipotesi importante, che però presenta decisamente molti problemi, i quali necessitano ancora di un'ampia discussione".

Se ogni teoria scientifica è soggetta a continue verifiche e correzioni di per sé, gli scienziati evoluzionisti ricordano, nella discussione, le prove sperimentali ottenute attraverso il gran numero di fossili ritrovati.
All’originario evoluzionismo, oggi si affianca l’evoluzione teistica (creazione per opera divina e compatibilità con tutte le scoperte scientifiche), che trova sostenitori e oppositori. Ad esempio, è attaccato dall'etologo Richard Dawkins e sostenuto invece dal paleontologo e biologo evoluzionista Stephen Jay Gould. Secondo questa direttrice di pensiero l'universo è opera di Dio, che lo ha creato, come sarà Suo il Giorno del Giudizio. Il racconto biblico della creazione non esprimerebbe la precisa modalità e, comunque, il racconto si manifesta con un linguaggio figurato, sicuramente non scientifico.